La villa de Canjáyar está situada al inicio del Valle Medio del Andarax, donde el río, que discurre en sentido Oeste-Este, labra con dificultad su valle, encajado entre las estribaciones montañosas de Sierra Nevada, al Norte, y el macizo de Sierra de Gádor, al Sur. La altitud media es de 605 m. y la pendiente del 34 por 100. Su clima, dentro del dominio Mediterráneo, se caracteriza por un alto grado de aridez, expresado en la combinación de la escasez de precipitaciones anuales (en torno a 450 mm.) y altas temperaturas medias (media anual de 19º centígrados).
Canjáyar limita al Oeste con los términos de Padules y Beires; al Sur, con los de Dalías y Felix; al Este, con Instinción y Rágol; al Norte, con Alboloduy y Doña María, Ocaña y Ohanes.